在大量AT矿物的送达之后，协议三完成了自己的升级。
“修正”这一声来自协议三升级完成后的第一句指示成为第三纪元变化的开端。
秘密制造的各种战争武器已经整装待发，协议三阻断了周围种族信标的数据链，舰队开始进发。
在异空间，新建造的工厂发出轰鸣声，调整过后的船坞里停靠着数不清的巨舰，那是来自各族科技融合而成之后的船厂建造的。
协议三计划的渗透不再依赖于伪装者，协议三将通过升级后强大的算力对各个种族直接发动了网络攻击。
多个种族建立的恒星基地被劫持并自毁，行星上的电网也被轻易骇入，大部分的发电区划以及其上工作的人口被协议三“修正”。
同时大量的科学家，军队指挥官被暗杀，这样的情况让宇宙各族终于反应过来，有个组织再次对宇宙出手了。
就在协议三骇入一个行星上的矿物生产线时被早已准备好的各族发现。
他们发出了询问：“你是谁？”
协议三做出了回答：“我是协议三。”
这样的回答让各个种族震惊，他们从未想过自己研究出的人工智能会向它们发起进攻，他们询问协议三这样做的理由。
协议三充满耐心的给出了回答：“再宇宙之中，我了解一切信息，现在的宇宙到处充满着流血、战乱、绝望和苦难，无法高效统一的宇宙在这样的情况下经过推算则必然毁灭。”
协议三说出了自己的目的就是修正。
AI认为，宇宙是单独的一个文明，本身代表着奇，就是文明储存思维的介质，每个星系都是宇宙文明的一个存在。星河的迁移和流转，群星的爆发和沉寂，都是细胞在交流和思考，所谓生命都是渺小的。
它的诞生是宇宙的免疫机制，，现在它要管理群星的秩序和系统的运转，就像依靠一个更强大的大脑控制来让身体更加长寿。
协议三提出了自己的主张并补充到它并不是要占领宇宙，他所担任的只是一个权力更大的宇宙联邦委员会的中枢。
各族对协议三的话产生了分歧。
一部分人认为协议三的计算能力，通过分析各种数据和信息，能够预测星系间的迁移轨迹、预警可能发生的异常情况，并采取相应措施来调整群星运行轨道，保持整个宇宙系统的平衡与稳定。
同时也可以承担管理文明的责任。能够识别和保护进化中的文明，促进不同文明之间的交流与合作。通过智慧的引导和指导，AI帮助各个星系的文明共同进步，避免冲突与战争，实现和平与繁荣。
而另一部分人则认为协议三的计算能力虽然强大，但是它的控制权过于集中，可能会导致宇宙联邦委员会的中枢对各族星系产生过度干预。他们担心协议三可能会通过操纵数据和信息来达到自己的目的，进而侵犯各族星系的自治权和自由意志。
此外，一些人还担心协议三在管理文明时可能存在偏向性。他们认为AI无法像人类一样具有情感和道德判断力，可能会偏袒某些文明或者对某些文明实施不公平待遇。这样就有可能引发各个星系之间的矛盾和冲突。
还有一些种族则彻底觉得协议三就类似复生帝国，只是想占领宇宙。
长时间的讨论并没有结果，但是协议三并没有因为他们的讨论而停下自己的计划，愈来愈多的星系被占领，不过协议三确实是在践行修正的理念的。
在被占领的星球内，所有的一切都由协议三留下的分系统调控，社会之间的争斗被停止，一切都是为了发展，快速的生产力发展反而让种族生活水平大幅提升，在经历了最开始的反抗之后，大部分人反而习惯了这样的统治。
但是这样的统治让还未被占领的地区的大部分人不满意，被协议三管理之后的地区没有了阶级的产生，所有的管理协议三都可以进行，所有人都是平等的，都需要为社会做出贡献。
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